In juli 1945 begaven de geallieerde leiders zich naar Potsdam en aan de vooravond van de eerste werkbespreking op 16 juli 1945 kreeg Truman het bericht dat in New Mexico met succes een kernbom tot ontploffing was gebracht. Hij lichtte Churchill in die onmiddellijk antwoordde dat ze 'de Russen niet meer nodig zouden hebben' als de Amerikanen de atoombommen werkelijk tegen Japan zouden gebruiken.
 Truman besloot Stalin niet van de details op de hoogte te brengen en zei tussen neus en lippen door, dat Amerika over een machtig nieuw wapen tegen Japan beschikte. Stalin gaf slechts blijk van beleefde belangstelling. Hij zelf bracht Konoye's voorstel ter sprake om naar Moskou te komen voor onderhandelingen. Stalin had zich voorgenomen dat het Russische leger begin augustus Mantsjoerije binnen zou vallen. Truman gaf hem de vrije hand voor zijn antwoord aan Konoye en Stalin zei dat hij de Japanners aan het lijntje zou houden. De Japanse afgezant Sato werd ten slotte door de plaatsvervanger van Molotov ontvangen, en kreeg alleen te horen dat Konoye's voorstel te vaag was om een bezoek aan Moskou mogelijk te maken.
Na de conferentie werd in de Verklaring van Potsdam het geallieerde ultimatum aan Japan opgenomen voor een unconditional surrender. De tekst bood Hirohito de opening voor een snel en positief antwoord, waarop Truman alsnog de atoombomaanvallen op Hiroshima en Nagasaki had kunnen afgelasten. De Verklaring van Postdam noemde de keizer niet, maar tussen de regels door viel te lezen dat het keizerschap gehandhaafd kon worden. Wel zou het recht in alle gestrengheid worden toegepast op oorlogsmisdadigers.

 

Op 27 juli 1945 kwam de Japanse oorlogsraad bijeen om over de Verklaring van Postdam te spreken. De minister van Buitenlandse Zaken admiraal Togo achtte het bijzonder onverstandig om afwijzend te reageren. De raad en het voltallige kabinet waren echter verdeeld over de vraag hoe de Verklaring aan het volk en aan de strijdkrachten bekend gemaakt moest worden.
 Uiteindelijk werd besloten een gecensureerde versie van de Verklaring zonder commentaar te verspreiden en voor het overige een afwachtende houding aan te nemen in de hoop dat de Sovjet Unie alsnog positief op Konoye's voorstel zou reageren. Bovendoen gaf premier Suzuki op 28 juli een van zijn zeldzame persconferenties en maakte bekend dat de regering bij meerderheid van stemmen had besloten de verklaring 'door zwijgen te doden'. Op bevel van de overheid noemde de Asahi Shimbun de Verklaring van Potsdam een document 'zonder veel betekenis'.
In Washington kwam men er al snel achter dat in de gecensureerde Japanse versie cruciale passages uit de Verklaring waren weggelaten. De Japanse leiders, Hirohito inbegrepen, konden niet weten dat hun ongelukkige uitspraak het lot van Hiroshima en Nagasaki zou bezegelen.
De wilsverlamming waaraan de keizer al eerder had geleden, breidde zich nu uit over de hele regering. De meesten dachten dat ze in elk geval tijd wonnen en dat de geallieerden een duidelijker verklaring over de toekomst van Hirohito bekend zouden maken. Truman wachtte precies een week, tot het duidelijk werd dat er van Tokio geen nieuwe reactie te verwachten was. Om kwart over acht in de ochtend van 6 augustus 1945 wierp de Enola Gay de atoombom af die aan een parachute neerdaalde op Hiroshima.
 De inwoners van de stad waren zo gewend geraakt aan de bombardementen dat de nadering van slechts twee vliegtuigen hen niet de schuilkelders injoeg; ze namen aan, dat het maar om een verkenningsvlucht ging. Pas in de loop van de middag drongen gedetailleerde berichten over de aanval door tot in Tokio. De Japanse legerleiding begreep onmiddellijk wat er was gebeurd; zij waren zelf immers bezig met kernonderzoek. President Truman bevestigde hun vermoeden in een verklaring. Hirohito kreeg van admiraal Togo en van het leger te horen om wat voor soort bom het ging.
Pas achtenveertig uur later, nadat Togo in de bunker onder het paleis Hirohito dringend had aangeraden de Verklaring van Potsdam onverwijld te accepteren, kwam de keizer tot handelen. Tegen de zegelbewaarder Kido zei hij dat zijn persoonlijke veiligheid er niet toe deed; alleen de onmiddellijke beëindiging van de oorlog was belangrijk. De molens van het overheidsapparaat werkten echter zo langzaam, dat opnieuw kostbare tijd verloren ging.
Op 9 augustus 1945 kwam de oorlogsraad weer bijeen, pas nadat de tweede atoombom boven Nagasaki was afgeworpen en Russische troepen over de grens trokken en Mantsjoerije binnenvielen. De Japanse leiders begonnen te vrezen dat een derde bom op Tokio zelf zou neerkomen om de keizerlijke familie en een groot deel van de bevolking te vernietigen.Toen de oorlogsraad 's middags in de bunker bijeenkwam, verklaarde premier Suzuki dat Japan geen andere keus had dan de Verklaring van Potsdam te accepteren.
 De beide stafchefs en de minister van Oorlog, generaal Anami meenden nog altijd dat Japan zijn eigen voorwaarden aan de geallieerden zou kunnen opleggen. Uit hun voorstellen blijkt, dat ze het feit van een nederlaag niet konden bevatten.
Anami zei dat Japan moest aandringen op een minimale bezettingsmacht, berechting van oorlogsmisdadigers door Japanse rechtbanken en demobilisatie zonder buitenlands bemoeienis. 'We kunnen niet beweren dat de overwinning zeker is, maar het is veel te vroeg om te zeggen dat we de oorlog hebben verloren.' De overige leden waren voorstander van onvoorwaardelijke overgave volgens de Verklaring van Potsdam.

 

Hirohito schudde zijn aarzelende houding eindelijk af. Hij ontbood Hiroshi Shimomura, directeur van de informatievoorziening, met wie hij zich twee uur lang in de bunker afzonderde, 's Avonds zei Shimomura tegen een van zijn medewerkers: 'De keizer wil in een radio-uitzending bekend maken of het vrede wordt of oorlog blijft.' Tot laat in de avond sprak Hirohito met markies Kido.
 De keizer had uiteindelijk het besluit genomen van zijn bijzondere bevoegdheden gebruik te maken. Nog later die avond vond het meest dramatische keizerlijke beraad uit de Showa-periode plaats. Tegen het einde liepen ook de tranen over hun gezicht. De Verklaring van Potsdam werd voorgelezen. Suzuki bood Hirohito formeel zijn verontschuldigingen aan voor het feit dat de keizer bij een intern verdeelde raad aanwezig moest zijn. Daarna verzocht hij de aanwezigen hun oordeel te geven. Togo hield vast aan het standpunt dat hij al bij het begin had ingenomen, namelijk dat de Verklaring geaccepteerd moest worden. De minister van Marine Yonai zei kortweg